Son yıllarda, yeni patojenlerin ortaya çıkmasıyla gıda kaynaklı hastalıkların epidemiyolojisi değişmektedir. ‘Yükselen hastalıklar’, son yıllarda prevalansı artan veya yakın gelecekte artması muhtemel olanlar olarak tanımlanmaktadır. Bu nedenle ortaya çıkan bir patojenin yeni evrimleşmesi gerekli değildir. Ortaya çıkan olarak kabul edilen gıda kaynaklı hastalıklar arasında enterohemorajik Escherichia coli (EHEC veya vero sitotoksijenik, VTEC özellikle serovar O157:H7), Campylobacter jejuni, Salmonella Typhimurium Definitive Type (DT) 104’ün neden olduğu hastalıklar yer alır. Ancak nispeten yakın zamanda gıda araçlarıyla ilişkilendirilmiştir.
Bu gıda kaynaklı patojenlerin çoğu, insan olmayan bir hayvan rezervuarına sahiptir ve zoonoz olarak adlandırılır, ancak bunlar mutlaka hayvanda hastalığa neden olmazlar. Daha önce, zoonotik hastalıkların gıda yoluyla bulaşmasını önleme yöntemi olarak hayvan veya karkas muayenesi kullanılıyordu. Fncak artık buna güvenildiğini söylenemez. Hem E. coli O157:H7 hem de S. Typhimurium DT 104 , sığırlarda bulunur ve nispeten yeni evrimleşmiş patojenlerin örnekleridir. E. coli O157:H7 muhtemelen enteropatojenik bir O55:H7 atadan evrimleşmiştir. Vero sitotoksijenik E. coli ile ilişkili hastalık salgınları ilk kez tanımlandığında, çoğu hamburger gibi az pişmiş sığır etiyle ilişkilendirildi. Daha yakın zamanlarda, EHEC ile ilişkili gıda araçlarının listesi uzamakta ve artan sayıda enfeksiyon, sebze ve meyve gibi taze ürünlerle ilişkilendirilmektedir. Enterohaemorrhagic E. coli O157:H7 ve diğer EHEC tipleri, ‘kural kitabını’ çeşitli şekillerde değiştirmiştir.
Elma suyu ve fermente etler gibi geleneksel olarak ‘güvenli’ kabul edilen bazı gıdalar hemorajik kolite ve EHEC ile ilişkili daha ciddi hastalıklara neden olmuştur. Gıdalarda organizmanın büyümesi enfeksiyona neden olmak için gerekli değildir, bu nedenle herhangi bir kontaminasyon, çok düşük seviyelerde bile ciddi sonuçlara yol açabilir. Endişe verici bir şekilde, ikinci bir EHEC grubunun (öncelikle O26:H11 ve O11:H8 serotiplerini içeren) yeni bir alt klonu Avrupa’da ortaya çıkmıştır ve bu klon, O157:H7’nin aynı belirgin virülans faktörlerini paylaşır ve sığır rezervuarında yaygındır. Bu organizmalar ve onlar gibi diğerleri, gelecekte gıda kaynaklı önemli patojenler olarak ortaya çıkabilir.
Genetik karışıklık, plazmitler, transpozonlar, konjugatif transpozonlar ve bakterofajlar dahil bir dizi genetik element tarafından kolaylaştırılır. Yatay gen transferi yoluyla evrimleşme ve ‘yabancı’ DNA elde etme yeteneği, yeni fenotiplerin ve genotiplerin ortaya çıkmasına neden olmuştur ve bu, organizmaları bir veya iki özelliğe göre gruplamayı tercih eden bazı mikrobiyologlar arasında kafa karışıklığına neden olmaktadır. Örneğin, genellikle neden olunan hastalık temelinde ve ayrıca esas olarak örtüşmeyen virülans faktörlerinin varlığı ile karakterize edilen, ishalli E. coli’nin altı patotipi vardır. Bununla birlikte, ishal hastalığı ile ilişkili E. coli izolatlarını tanımlayan çalışmaların sayısı giderek artmaktadır. Bazı durumlarda, virülans faktörleri, patojenite adaları olarak adlandırılan geniş DNA bölgelerinde kodlanır ve bunlar farklı patojenik organizmalar arasında paylaşılarak mikrobiyal evrime katkıda bulunur. Virülans genlerinin aktarımı için önemli vektörler olmanın yanı sıra bakteriyofajlar gibi bazı genetik elementler de Vibrio cholerae’de gösterildiği gibi bakteriyel virülansın ekspresyonu için önemli öncüler olarak hizmet eder. Enterobacteriaceae’nin bazı üyelerinin mutS geninde DNA onarım süreçlerini yöneten kusurlar taşıdığı da gösterilmiştir. Silmelerin oluşumu ayrıca sözde ‘genom plastisitesinde’ önemli bir rol oynar ve gelişmiş işlevselliğe sahip organizmaların gelişimine katkıda bulunabilir. Belirli bölgelere özgü DNA dizilerini belirleyen yeni teknikler, yeni patojenlerin gelişmesine izin veren evrimsel mekanizmaların araştırılmasına izin vermeli ve bu organizmaların tanımlanmasını ve karakterizasyonunu kolaylaştıracaktır. Bu tür teknikler yakın zamanda eski E. coli soylarının aynı virülans faktörlerini paralel olarak kazandığını göstermek için kullanılmıştır. Bu da doğal seleksiyonun düzenli bir gen edinimini ve virülansı artıran moleküler mekanizmaların progresif oluşumunu desteklediğini gösterir. Belirli ortamlara adaptasyon, S. Typhimurium DT 104 ‘ün yakın zamanda ortaya çıkmasında rol oynamış gibi görünmektedir. Bazı araştırmacılar, antibiyotik kullanımının insan sağlığı, tarım ve su ürünleri yetiştiriciliğinde Salmonella suşlarının seçilmesiyle sonuçlandığını öne sürmüştür. Bir organizmanın çevresi tarafından empoze edilen ‘streslerin’, daha da öldürücü olan suşları seçmeye hizmet edebilecek adaptif mutasyonları teşvik eden potansiyel bir itici güç olması koşuluyla, virülansı modüle edip artırabileceğine dair artan kanıtlar vardır. Demografi, tüketici eğilimleri ve gıda üretimindeki değişiklikler ile ilgili faktörler de ortaya konmuştur. Bu değişimlerin çoğu, tek bir enfeksiyon kaynağının potansiyel etkisini büyütmüştür.